Filme unter eigener Regie mit Cameo-Auftritten
1968: Lebenszeichen
1976: Herz aus Glas
1979: Nosferatu – Phantom der Nacht
1984: Wo die grünen Ameisen träumen (Where the Green Ants Dream)
1986: Werner Herzog – Filmemacher
1991: Cerro Torre: Schrei aus Stein (Scream of Stone)
2001: Invincible – Unbesiegbar (Invincible, Sprechrolle)
2016: Salt and Fire
Auftritte in Filmen anderer Regisseure
1971: Geschichten vom Kübelkind (Edgar Reitz)
1983: Der Mann, der die Blumen liebte (Man of Flowers Paul Cox)
1989: Gekauftes Glück (Urs Odermatt)
1989: Es ist nicht leicht, ein Gott zu sein (Peter Fleischmann)
1996: Brennendes Herz (Peter Patzak)
1998: Hinter dem Horizont (What Dreams May Come, Vincent Ward)
1999: Julien Donkey-Boy (Harmony Korine)
2004: Zwischenfall am Loch Ness (Incident at Loch Ness, Zak Penn)
2007: Mister Lonely (Harmony Korine)
2007: The Grand (Zak Penn)
2009: Plastic Bag (Kurzfilm, Sprechrolle, Ramin Bahrani)
2012: Erdbeerland (Kurzfilm, Florian Pochlatko)
2012: Jack Reacher (Christopher McQuarrie)
2013: Wie der Wind sich hebt (風立ちぬ, Sprechrolle, Hayao Miyazaki)
2013: Die andere Heimat – Chronik einer Sehnsucht (Edgar Reitz)
2014: Lemonade War (Kurzfilm, Ramin Bahrani)
2014: Die Pinguine aus Madagascar (Penguins of Madagascar, Sprechrolle, Eric Darnell und Simon J. Smith)
2015: Freaks of Nature (Sprechrolle, Robbie Pickering)
2022: Letzte Ausfahrt: Weltall (Last Exit: Space, Sprechrolle, Rudolph Herzog, Film auf youtube)
Serien mit Gast-Auftritt von Werner Herzog
2010: The Boondocks (Episode 3.01: It’s a Black President, Huey Freeman)
2011–2021: Die Simpsons (The Simpsons, Sprechrolle, 4 Episoden)
2012: American Dad (Sprechrolle, Episode 8.17: Ricky Spanish)
2012: Metalocalypse (9 Episoden, Sprechrolle)
2015: Parks and Recreation (Episode 7.01)
2015: Rick and Morty (Sprechrolle, Episode 2.08)
2019: The Mandalorian (Episoden 1.01, 1.03 und 1.07: der Auftraggeber)